La supervisión del Programa Fulbright es compartida por el Gobierno de los EE.UU. y el Gobierno del país socio por medio de un directorio. El acuerdo binacional entre los Estados Unidos de América y el Ecuador especifica el número de miembros de la Junta Directiva, que comprende 4 ciudadanos estadounidenses y 4 ciudadanos ecuatorianos. El Embajador o jefe de misión de los Estados Unidos de América en Ecuador es el presidente honorario. Los miembros de la junta representan a las comunidades de política exterior, educación, negocios y emprendimiento social.