La supervisión del Programa Fulbright es compartida por el Gobierno de los EE.UU. y el Gobierno del país socio por medio de una Junta de la Comisión. El acuerdo bilateral entre los Estados Unidos y Ecuador especifica el número de miembros de la Junta Directiva, que comprende 4 ciudadanos estadounidenses y 4 ciudadanos ecuatorianos. El Embajador de los Estados Unidos en Ecuador es el presidente honorario. Los miembros de la junta representan a las comunidades de política exterior, educación, negocios y emprendimiento social.